La parcela, donde hoy se levanta el edificio del Centro Cultural Villa de Nerja, albergó en las décadas de los veinte y treinta del pasado siglo un molino de aceite o almazara, cuyo propietario era Francisco Ortega. En los años cuarenta la adquirió el entonces vecino de esta localidad Bautista Bueno Jimena para construir un edificio dedicado a vivienda y comercio, que más tarde se amplió a gestoría.
En 1951 fue vendida a la Caja de Ahorros y Préstamos de Antequera, y esta entidad a su vez la cedió al Ayuntamiento en 1966 para la construcción de centro cultural. El Ayuntamiento lo utilizó entre 1966 y 1972 como Colegio Libre Adoptado, donde se impartieron enseñanzas de bachillerato, y a partir de 1972 se ubicó en el edificio el Colegio Público San Fernando, que al final de la década de los setenta se integró en el C.P. San Miguel, derribándose posteriormente el edificio para la construcción del Centro Cultural Villa de Nerja, que se inauguró el 16 de mayo de 1998.
El primer proyecto fue del arquitecto de la Mancomunidad de Municipios de la Costa del Sol-Axarquía, Bernardo Rodríguez Davó, en 1986. Según éste, el arquitecto Hector Sequero Marcos redactó el definitivo en 1990.
El Auditorio consta de 326 butacas, con una zona especial para minusválidos. La inclinación que presenta permite una visualización óptima desde cualquier zona. Las paredes y techo están finalizados en salientes para evitar las reverberaciones de sonido. El escenario tiene 130 m2 de superficie, con una boca de 9 metros. Además del auditorio, el centro cuenta con salas de usos múltiples y despachos. Se trata de dos salas para seminarios y conferencias, con cincuenta y cuatro sillas cada una, y dotadas de pizarras blancas para la escritura con rotulador y que pueden usarse como pantallas para proyecciones. Son usadas habitualmente para cursos, seminarios y reuniones. La sala más amplia, que cuenta con acceso a la parte superior del escenario, ofrece grandes posibilidades para ensayos y conferencias, con capacidad para cien personas.
